in molti modi...o te lo fai con un programma di grafica, lo salvi in jpg o gif o png e lo carichi nella index.php del template intervenendo nel codice opprue usi il metodo più semplice e cioè vai nella cartella images del template scelto, becchi la header dello stesso e la modifichi con un programma di grafica inserendoci il logo tuo, la salvi e automaticamente ti ritrovi la modifica online.