E hai addirittura cancellato le cartelle...
Che strano.
Allora se hai il backup dei file che hai cancellato, ricaricali, altrimenti verifica bene di averle cancellate le cartelle.
Poi verifica che anche il modulo di sh404sef sia disinstallato.
cmq la situazione è strana.
Se il problema persiste, mandami via mp i dati di accesso via ftp e al pannello di joomla che ti risolvo il problema personalmente somani.
Ora vado a letto
ciao