Il webserver è configurato per fare in modo, alla richiesta del dominio, di andare a cercare alcuni file da utilizzare come "pagina principale".
In genere questi file sono: index.htm, index.html, default.html, , index.php, ecc.
In base alla sequenza in cui sono indicati nella configurazione (che non fai tu) il webserver, nel caso trovasse più file indicati come "principali", andrebbe a pescare il primo della configurazione.
In base a quanto sopra, in genere, la pagina index.html ha priorità maggiore alla pagina index.php (utilizzata da joomla).
Puoi sfruttare questa cosa creando la tua pagina di manutenzione e salvandola come "index.html" per poi caricarla su altervista.
A quel punto richiamando
www.tuosito.altervista.com verrebbe restituita la pagina index.html, mentre richiamando
www.tuosito.altervista.com/index.php accederesti a joomla.