di precauzioni non ce ne sono di particolari...
usare un virtual server è più difficile della gestione di un semplice hosting: devi configurare apache e mySQL da solo...
attenzione ai privilegi che dai all'utente di mySQL: non usare l'utente root, ma usa un utente che abbia privilegi su un singolo database, in modo da aumentare la sicurezza.
non so se precauzioni simili sarebbero da prendere anche con apache, visto che non lo conosco più di tanto...