Beh, tieni presente che, se ho capito bene, fai condividere non solo il database, ma anche le tabelle. Non hai, insomma, creato tabelle diverse per il sito duplicato. La tabella di gestione "frontpage", ad esempio è la stessa. Il database, se ne impipa da quale sito viene la richiesta, sa solo che la frontpage è quella che lui ha memorizzato e che gli item di menu sono quelli che lui ha memorizzato.
Se proprio non puoi costruire un secondo database, costruisci tabelle con un prefisso diverso per il secondo sito.
Male che vada, puoi importare i dati invariabili dal primo set di tabelle al secondo set di tabelle
