Si, ho controllato il file in questione più volte, l'ho ricaricato, e sono stato attento che il trasferimento del file tramite ftp avvenisse in modalità binaria e non ascii.
ora sono riuscito a eliminare l'errore, ma non so se tutto funzionerà in quanto ho eliminato la prima lineaa che compare nel file
joomla.javascript.js
la linea in questione è :
// <?php !! This fools phpdocumentor into parsing this file