Molto sommariamente......
diciamo che il componente sh permette di rendere le url semplificate e, sempre con il componente, puoi impostare i tag manualmente delle tue pagine pubblicando il modulo integrato.
Joomseo invece permette di impostare i tag automaticamente. E' utile se un sito ha molti contenuti pubblicati facendoti risparmiare il lavoro di taggare ad uno ad uno i tuoi articoli.