mille domande, cerco di darti più risposte possibile...
quando avete tante domande separatele così:
1 - sono niubbo?
2 - odino è niubbo?
etc

Lavorare su pagine html e php, dimenticatelo. non lavori su pagine, ma su contenuti. Quando prendi mano lavori su pagine che sono quelle dei moduli e dei componenti che possono essere in php o html a seconda di quello che ti serve.
Tu non devi creare nuove pagine in linea di massima, inserisci un contenuto e Joomla ti crea la pagina.
Le pagine non diventano articoli: copiati i tuoi articoli del sito html in contenuti Joomla, a quel punto avrai un nuovo articolo.
Joomla ha dei suoi .css particolari, se usi web developer inizierai a capire meglio dove sta qualunque cosa, cos'è qualunque cosa...