dopo aver messo un htaccess.txt nella root del sito, dopo arev rinominato tale file in .htaccess vai nella configurazione globale dei sito, scheda seo e attivi il seo. Ti aparirà un messaggio con il quale ti viene ricordato di rinominare l'htaccess, ma nel frattempo tu lo avrai già fatto.
Poi vai nel componente sh404 e, nella configurazione, c'è un campo con finestra a tendina nel quale operare la scelta "con htaccess.
Già che sei li, completa la configurazione con gli altri elementi che ritieni utili. Svuota la cache e tutto dovrebbe funzionare 
ho seguito le tue indicazioni ed ho modificato il file htaccess per come descritto nelle istruzioni di sh404 inserendo questa sezione:
########## Begin - Joomla! core SEF Section
############# Use this section if using ONLY Joomla! core SEF
## ALL (RewriteCond) lines in this section are only required if you actually
## have directories named 'content' or 'component' on your server
## If you do not have directories with these names, comment them out.
#
#RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
#RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
#RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(/component/option,com) [NC,OR] ##optional - see notes##
#RewriteCond %{REQUEST_URI} (/|\.htm|\.php|\.html|/[^.]*)$ [NC]
#RewriteRule ^(content/|component/) index.php
#
########## End - Joomla! core SEF Section
########## Begin - 3rd Party SEF Section
############# Use this section if you are using a 3rd party (Non Joomla! core) SEF extension - e.g. OpenSEF, 404_SEF, 404SEFx, SEF Advance, etc
#
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^(/component/option,com) [NC,OR] ##optional - see notes##
RewriteCond %{REQUEST_URI} (/|\.htm|\.php|\.html|/[^.]*)$ [NC]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule (.*) index.php
#
########## End - 3rd Party SEF Section
ora funziona la riscrittura degli URL, ma mi ritrovo con errore 404, suggerimenti?
Io uso joomla 1.0.13 stable
Ciao
