credo di aver capito cosa intendi. Si è possibile. Se hai più di un database, basta creare le varie sottocartelle, in ciascuna sottocartella carichi i file di installazione e poi lanci i vari installer indicando, per ciascuno di esso, il database ad esso riservato. Ricordati di editare il file htaccess in ciascuna sottodirectory, decommenta il rewritebase e aggiungi la sottodirectory nell'apposita riga dell'htaccess stesso in cui devi indicare la path (solo nel caso di sottodirectory).
Se il database è unico, puo ancora farlo, ma, ovviamente, avrai un database dalle dimensioni sicuramente ragguardevoli. Procedi come detto prima, solo che, quando si tratta della schermata database, cambia il prefisso e per ciascuna installazione metterai un prefisso diverso.
avrai, quindi, jos_; jo1_; jo2_ (tieniti sempre con i tre caratteri più underscore).
Dopo di che, continua come prima.
Sottolineo chein questo secondo caso, il database diventerà presto enorme e, in quanto tale, lento alle risposte. A parte che tre-quattro siti che lanciano contemporaneamente richieste allo stesso database ... non è che sia proprio una cura di salute per il database