alcune cose te le ho già risposte nel bug tracker, ma approfondisco qui per non appesantire inutilmente i messaggi del tracker.
Per quanto riguarda la questione script-noscript vs javascript di ridimensionamento caratteri e cambio contrasto, le guidelines si riferiscono a problemi assolutamente diversi.
Faccio un esempio
Un non vedente assoluto, avrà necessità del sintetizzatore vocale. Impensabile per un browser troppo antico. Per il non vedente assoluto, la vetustà del computer non è un problema. Analogamente, se quelle funzioni non si possono ottenere altrimenti che con javascript, un ipovedente non potrà avere il computer sprovvisto di java. La cosa fondamentale è che, nel caso di utente con computer senza java (che, quindi, non potrà essere contemporaneamente ipovedente) la pagina venga caricata senza errori. Questo, quanto meno, è quanto ho capito da varie "peregrinazioni".
Per quanto riguarda la chiusura del tag, quella soluzione credo sia proprio una "pezza" più che una patch. Ho la sensazione che il tag <div> che rimane aperto non venga dall'index del template, ma,piuttosto, da qualche altra parte che, però, non riesco a individuare. Ti allego qui l'index della mia pagina così come viene fuori dal sito. Ci sono alcune aperture e chiusure strane dei <div> (anche in termini di allineamento. Cosa per la quale, ho notato, tu hai prestato estrema attenzione). e c'è anche un div aperto e chiuso senza alcun contenuto. Però non riesco a individuare da dove provenga l'errore. Io, per tamponare, ho messo una chiusura del <div> alla fine del tuo index (quello del template, per intenderci) e così il bilancio complessivo torna a pari. Ma, ripeto, sono convinto che l'errore non nasca da li.
Ripeto e sottolineo che il file allegato è quello risultante dal "visualizza sorgente" della pagina index del sito dopo aver aggiunto il tag </div> in terz'ultima riga dell'index.php del tuo template
[allegato eliminato da un amministratore]