Hai anche tu la versione 1.5? Se si quale versione? Se no che versione hai di Joomla 1.0.x? Perchè se non hai l'ultima stabile dovresti fare anche un upgrade.
Non è necessario sostituire tutti i file e le cartelle di Joomla, ma solo i file modificati dal deface..
*** edit: ho riletto ora il tuo post.. tu dici che
tutti i tuoi file contengono l'iframe? ***
Dovresti scaricarti il tuo sito in locale, attraverso un editor ricercare la stringa relativa all'iframe (in modo da avere una lista di tutti i file modificati) e poi o ripulire questi file o sostituirli quelli puliti di un backup precedente.
Credo che il deface abbia riguardato solo questi file index e .html e non il database..
Riguardo alla tua domanda se il deface potrebbe ricapitare non ne ho proprio idea..
Non ho conoscenze nel mondo dei lamer..
Scherzi a parte, purtroppo non si può prevedere se e quando si verificheranno questi attacchi, però si può cercare di fare il possibile per prevenirli.. Dal lato dell'hosting mantenendo i server sicuri e aggiornati, dal lato dell'utente utilizzando sempre le ultime versioni stabili disponibili, sia del core, sia dei componenti.. E a proposito di componenti è buona norma controllare sempre la Vulnerable Extensione List di Joomla.org:
http://help.joomla.org/component/option,com_easyfaq/task,view/id,186/Itemid,268/,
per accertarsi di non stare utilizzando componenti insicuri..