sh404 funziona in legacy. Quindi se non attivi il legacy non potrà girare.
Péer quanto riguarda l'htaccess, certo che devi modificarlo (se utilizzi sh con ahtaccess. Hai anche la possibilità di selezionare "senza htaccess", ma è sconsigliabile).
Nella documentazione del componente trovi un esempio di htaccess idoneo per il componente stesso.
Ricordati di attivare il sef nativo di joomla