La versione 1.5.3 è l'ultima al momento; gli aggiornamenti escono puntualmente su questo sito e basta semplicemente sovrascrivere i file via ftp, anche se un backup preventivo non guasta.
Piccoli altri accorgimenti sono di impostare password forti agli account administrator e di non usare, se non proprio necessario, l'account superadministrator.
Inoltre si dovrebbe evitare di navigare contemporaneamente su altri siti mentre si ha accesso all'area di amministrazione.
Poi è bene sempre fare logout dal pannello amministrativo quando si è conclusa la sessione di lavoro.
Altro nodo cruciale è l'impostazione dei permessi: 644 per i file e 755 per le cartelle.
Joomla! è un CMS molto sicuro: ha vinto numerosi premi in merito; è pur vero che questo discorso vale per il codice del core e non è garantito, invece, per componenti di terze parti, cioè non sviluppati direttamente dal team di Jooomla!.
Spero di esserti stato utile.