ciao,
ho avuto lo stesso problema (ie7 e ff ok - ie6 ko).
ho risolto escludendo un contenuto (articolo) del body centrale della home page dove avevo inserito del codice che linkava ad un file flash esterno. a quel punto la homepage si è allineata correttamente anche con ie6.
da notare che:
se invece di stare nella home andavo su un'altra voce di menù il tutto funzionava anche con ie6.
ciao
angelo