Forse ho trovato: nella procedura di migrazione c'è scritto di sovrascrivere le directories componentes, modules ecc dal vecchio mambo al nuovo joomla. Ho provato una nuova migrazione ma questa volta invece che sovrascrivere le intere directories ho solo copiato componenti, moduli ecc che avevo in più su Mambo lasciando inalterati quelli di default. In questo modo vedo che tutto funziona perfettamente e fino ad ora non ho avuto problemi.
Spero possa servire a chi fa la migrazione
Marco