Come ti dicevo cerano solo problemi con il trasferimento ftp,
io due programmi che ho usato, come dicevo sopra, per il caricamento dei file in ftp,
non riuscivano a caricare tutti i file sul server.
Come consigliato da Kriss, ho appena provato a caricare i file con FireFTP,
sembra sia andato tutto a buon fine, non ho riscontrato alcun errore almeno in apparenza.
Appena installo vi farò sapere.