ciao,
il problema è che I.E ha una diversa (errata) gestione di margini e padding oltre a problemi con immagini png, se vuoi visualizzare correttamente il sito anche per IE 6 hai due soluzioni,
creare un file css specifico per I.E 6
ho sfruttare diversi "trucchetti" per gestire alcune proprieta dei css
qui ti consiglio di ricercare su internet questo problema poichè è trattato specificatamente
