Non preoccuparti, è una condizione automatica di sicurezza. La pima volta che editi i parametri del template (ma anche se editassi i css darebbe lo stesso risultato), dopo il salvataggio pone i permessi a 555 in modo che quel file non sia editabile altrimenti che attraverso joomla stesso.
Infatti, se volessi nuovamente editare lo stesso file, puoi farlo senza problemi. Joomla, all'atto del salvataggio, modificherà i permessi, renderà scrivibile il file, salverà le modifiche e ripristinerà la non scrivibilità del file.
I permessi sono a 555 piuttosto che 444 perché essendo dei file ".ini" e ".css" devono rimanere eseguibili