La differenza non sta solo nel template, ma in tutta una serie di modifiche che rendono il sito effettivamente rispondente alle "prescrizioni" Stanca.
Puoi fare, se credi, due installazioni di joomla, di cui una in sottocartella (ad esempio la versione accessibile) facendo solo attenzione a selezionare, in fase di installazione, un diverso prefisso per le tabelle ("joa_" anziché "jos_", ad esempio).
In ciascuna delle installazioni, poi, potresti mettere un link nel top menu. Nella versione accessibile il link sarà verso la versione di default, in qust'ultima, verso la versione accessibile.