Ciao, vinfel......
Rispondo alle tue domande:
1) Ioncube è una piattaforma che ti permette di criptare (a vari livelli di sicurezza) file PHP; per leggerli serve che sul server dove stai lavorando con il tuo sito sia installato il pacchetto gratuito IOncube loader
2) per sapere questo devi contattare chi ti fornisce l'hosting e sapere se il suo server è aggiornato con questa piattaforma; per l'installazione ti rimando a questa pagina che ho trovato in italiano che ti spiega esattamente la procedura
http://www.softwarehouserulez.com/tag/ioncube-loader/3) contro non ce ne sono sulla piattaforma Ioncube, ormai molto diffusa come lo Zend Optimizer che fa la stessa cosa, richiesto per diversi componenti per Joomla (spesso a pagamento); l'unico contro è quello che ti ho accennato sopra, ovvero verificare se il tuo hosting ne è provvisto, altrimenti non puoi fare nulla