La tua richiesta è un pò generica, bisognerebbe avere un link del tuo sito per capire che è successo.
La risposta del tuo fornitore che ti dice che hai avuto un attacco hacker, ma a livello di loro server o il tuo sito in particolare? E la falla di sicurezza qual'è?
Quale versione di Joomla stai utilizzando? Sei già alla 1.5 e devi aggiornare alla 1.5.7 oppure stai utilizzando ancora la 1.0?
In locale se ti funziona vuol dire poco, stai utilizzando esattamente i file del server, o stai provando ancora la tua versione locale che avevi realizzato prima di caricarla sul server?
Prova a sovrascrivere la index.php o i file dei template, ma la falla di sicurezza potrebbe essere altro.