Credo che tu debba seguire la procedura indicata nel wiki per reimpostare la password amministrativa. Se è stato un hacker turco ad attaccarti è solito non modificare nulla, ma cambiare solo la pagina iniziale. Ma attenzione, non è che cambi l'index.php, ma imposta un altro template per l'homepage, con tutte quelle scritte che compaiono. In teoria rientrando dall'amministrazione dovresti innanzitutto modificare la tua password amministrativa e ripristinare l'home page predefinita e relativo template.
Poi ti suggerirei di tenere costantemente aggiornata la tua versione di Joomla, so quello che hai provato dopo un hackeraggio, dato che un sito da me realizzato è stato fregato per un mancato aggiornamento celere.
Altro consiglio? Installa JSecure, un componente che dovrebbe aumentare la sicurezza del tuo pannello amministrativo.