no, non è naturale.
Le patch servono proprio a questo: basta sovrascrivere con i file contenuti negli aggiornamenti i corrispettivi file di joomla.
Non è che qualcuno dei file che stai sovrascrivendo era stato modificato da te o da qualche componente?
Ti da messaggi di errore?
Se si, quali?
Se no, prova a impostare il livello dei messaggi di sistema al massimo