ciao,
per prima cosa devi trovare il "virus", probabilmente sarà qualche riga di javascript, è anche possibile che non ci sia nulla di pericoloso, spesso le protezioni web e av non sono molto precise. Se non trovi nulla puoi provare con un debugger per javascript, c'è un plugin gratuito per ff, inoltre ricordati di cercare anche nel database. Spesso questi "virus" sono dei xss un po elaborati per maggiori info vedi qui:
_http://stacktrace.it/2008/08/xss-depth/
spero ti torni utile. bye