Non è una cosa automatica: probabilmente il tuo sito svolge qualche funzione particolare, ed è necessario trovare (se esiste) l'estensione che fa al tuo caso, sulla JED (extensions.joomla.org).
Per il resto (utenti, articoli, ecc) se sono pochi li importi a mano, ricreandoli da backend, altrimenti se sono tanti (centinaia o migliaia) ti conviene creare (o fare creare) uno script di importazione automatico.
Per quanto riguarda la grafica non so le tue competenze in PHP HMTL e CSS ma è una cosa un po' complicata.. comunque dovresti ricreare la grafica e poi inserire le direttive per il caricamento di moduli e componenti.
Anche qui, o ti sbatti e perdi tempo o affidi il lavoro a qualcuno.
Per il manuale: non devi ricordarti tutto, ma devi tenerlo sempre sottomano