Ad ogni azione c'è una reazione...
Ovviamente portando fuori l'header dal main anche l'immagine a destra subisce la stessa sorte di quella di sinistra...

Ma perchè dici che non la puoi ricalibrare dai css?
Eccola qui la regola per quell'immaginenel file template_css.css (line 270):
#header .c1 img {
margin:0px 0px 0px 36px;
}
Ma io non la sposterei. Tu stai guardando il sito a 1280 pixel o più vero? Ma chi lo guarda a 1024 l'immagine la vede bene così com'è e la vedrebbe troppo spostata al centro se tu modifichi...