ciao,
spero di aver capito bene... la vecchiaia avanza
la grafica dei template dipende dai css, quindi le varie operazioni di modifica implicano la manipolazione di questo file.
solitamente il problema da te riscontrato, si verifica quando vengono inseriti dei bordi anche di un solo pixel, perchè il layout e di tipo rigido, con larghezze ben definite.
non mi è chiaro se hai fatto modifiche alla struttura o utilizzi anteprime particolari che inseriscono bordi per esaltare i moduli per esempio.
un altro motivo dipende dal contenuto che hai inserito che allarga il layout + del dovuto facendola sballare.
in questo caso occore prestare attenzione ai problemi dell'attributo "float:
http://css.html.it/articoli/leggi/531/float-teoria-e-pratica/buon lavoro