Io il problema l'ho risolto creando un template completamente vuoto con dentro solamente l'animazione flash (e logicamente il codice corretto per gestire il tutto e ritornare a joomla) però potresti anche crearti un template ed inserire o utilizzare un solo "buco" al centro o dove vuoi, poi creando un modulo HTML ed inserirlo appunto nel "buco" che hai creato. Il problema è tornare a joomla...
Soluzione forse più semplice e banale....guarda l'ordine di chiamata dei file al tuo sito...nel senso prima default.html, default.htm, index.html poi index.php ecc. ecc. crei una pagina default.html con dentro l'animazione flash e la fai andare ad index.php alla fine cos' riesce a gestire joomla perfettamente perchè torna sempre a index.php!
Spero di esserti stato di aiuto,
Darley