Io ho avuto un problema simile, non compareiva il pulsante DOWNLOAD sotto i documenti è così?
Il mio problema stava in una tabella di DOCMAN del database del sito, nel dettaglio la tabella JOS_PLUGINS, mancava il record relativo agli standard buttons di DOCMAN.
A proposito, controlla in gestione plugin che sia attivo il plugin degli standard buttons di DOCMAN