Dipende dalle tue conoscenze di html, comunque le differenze ci sono e sono sostanziali, ma fattibili.
In sostanza quello che devi cambiare, per ogni posizione, è questo (ti faccio un esempio con la posizione "left"):
in Joomla 1.0:
<?php mosLoadModules ( 'left' ); ?>
in Joomla 1.5:
<?php if($this->countModules('left')) : ?>
<jdoc:include type="modules" name="left" style="" />
<?php endif; ?>
Diciamo che il principio di cambiamento per chiamare tutte le posizioni dei tuoi contenuti è qui; per il css dipende dalla complessità dei template che usi.... ma su template base il tutto potrebbe anche più o meno restare uguale.... fai qualche prova.