è strano che non ti faccia cambiare i permessi. In fondo se fino ad adesso non hai avuto problemi, l'utente ftp e l'utente joomla dovrebbero coincidere, a meno che ...
I permessi attuali per le cartelle, sono 775 o 755?
e i file, sono a 664 o a 644?
Stai tentando il cambio con ftp o con il pannello di controllo dell'host?