Ciao, c'è un modo molto semplice:
crei un modulo Custom HTML, in cui inserisci il codice CSS che vuoi inserire nella homepage (ovvero la nuova dimensione dell'header), quindi lo assegni ad una posizione, come "header".
Poi apri il file index.php del template e inserisci il codice
<style>
<jdoc:include type="modules" name="header" />
</style>
nell'header della pagina, appena prima del tag di chiusura.