Ciao, io su un mio sito ho messo questo codice nella tabella che conteneva l'header:
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="800" height="165" align="">
<param name="movie" value="templates/NOMETEMPLATE/images/nomefilmato.swf" />
<param name="src" value="templates/NOMETEMPLATE/images/nomefilmato.swf" />
<param name="play" value="true" />
<param name="wmode" value="opaque" />
<param name="scale" value="" />
<param name="quality" value="best" />
<param name="menu" value="false" />
<param name="bgcolor" value="" />
<param name="AllowScriptAccess" value="sameDomain" />
<param name="loop" value="true" />
<embed src="templates/NOMETEMPLATE/images/nomefilmato.swf" scale="" wmode="opaque" play="true" quality="best" menu="false" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="800" height="165" align="center" bgcolor="" AllowScriptAccess="sameDomain" loop="true" hspace="5" vspace="5"></embed>
</object>
Ovviamente personalizzando i valori di larghezza e altezza, inserendo il filmato swf nella cartella images del template. Poi bisognerà un po' lavorare per sistemare allineamenti etc... quindi conviene prima fare un backup dell'index.php in cui andrai a copiare il codice.