E' davvero strano che non sia stato caricato l'htaccess.txt. A questo punto verificherei che non manchino anche altri file che, magari, in fase di caricamento del pacchetto, il tuo client ftp s'è "rosicato"
Puoi prendere un pacchetto pulito della tua versione joomla, estrarlo in locale e caricare nel tuo spazio web il file htaccess.txt.
Prima, però, verificherei che magari non sia già stato rinominato.
Accertati che il tuo client ftp abbia il flag su "mostra file nascosti, nelle opzioni. .htaccess si presenta come file nascosto.