Nel "vecchia url non sef, occorre mettere una url non sef.
Quella che tentate di mettere (con gli slash) è una url sef creata dal seo nativo di joomla.
Fate una voce di menu fittizia al componente e copiate il link che vi trovate dentro la voce di menu, non quello che viene fuori dal front-end. Il link, quindi, sarà sel tipo index.php?com_phocaguestbook etc etc Questo è il link da copiade in url non sef di sh404.
Per quanto riguarda il problema dei moduli ... "inserisci itemid figurativo per la home page" serve proprio a questo.
Inoltre sh404sef "memorizza", quale url principale, la prima che viene letta. Quindi, la cosa migliore è, la prima volta che viene attivato sh404 o, comunque, quando si devono creare le url dopo averle sfoltite, lanciare un creatore di sitemap on line, in modo che vengano scansionati tutti i link.