Credo che dipenda da due fattori:
1) la sostituzione dei caratteri che possano creare problemi. Trovi la tabella nella configurazione di sh404.
2) dipende anche dal carattere. Il ?, ad esempio può essere usato per passare variabili in url. SH404, impedisce questa pratica, come impedisce anche l'inclusione di file remoti in url
... Perché devi mettere caratteri speciali e immagini nel nome degli articoli
Mi pare che il tuo modo di costruire i link non sia perfettamente corretto, comunque. Se usi le url non sef, non puoi mettere gli slash, ad esempio. Vedi quale è il link creato con una voce di menu, ad esempio e copia quel link (a partire da index.php" per creare i tuoi link
