Io quando devo inserire un contenuto flash in joomla utilizzo un comodissimo modulo che si chiama flashmod, lo trovi su extensions.joomla.org
per fare un menù in flash uso un metodo un po' pezzotto ma funziona.
1) Creo il menù con i link che mi servono e lo pubblico come un normale modulo
2) Vado nel front-end e clicco su tutte le varie voci copiandomi non i collegamenti ma proprio l'indirizzo che esce scritto una volta caricato il collegamento nella barra del browser
3) Quell'indirizzo lo incollo nel codice getURL("indirizzo", "_self") nel menù in flash... e funziona alla grande!
Unico difetto il fatto che ogni volta che tipo aggiorni la disposizione di un modulo o cose così cambia la parte finale dell'url (qualle itemid=numero) e quindi devi aggiornare il filmato flash, quindi il mio consiglio è creare tutto il sito col flash senza link e poi quando hai finito copiarti i link come ti ho detto e aggiornare il flash

Per lo switch automatico all'html non ne ho idea, non posso aiutarti!
Se vuoi un esempio di un menù in flash fatto da me su joomla dai un'occhiata qui:
www.lifestyledance.comThat's all!
Spero di esserti stato d'aiuto!
Bye!