ciao,
non penso dia possibile mantenere i moduli... di certo fai un backup del db.
potresti preparare una copia, installi nuovo joomla, installi moduli che avevi, importi backup del db e vai a sistemare quello che non e' coerente.
questo quello che mi viene in mente e sinceramente non sovrascriverei in produzione, per questo ti proponevo la copia.
io cmq proverei a fare un aggiornamento e basta, dopotutto e' probabile che l'errore che ti da sia o un settaggio sbagliato o una cosa che viene fixata da un aggiornamento.. e un aggiornamento non ti richiede molto tempo, tentar non nuoce (spesso)
ah, ricordati di backuppare il db prima di farlo!
