Prima di tutto duplica per sicurezza i files .css del template in modo da ripristinare se combini casini.
Arriva sulla pagina che ti da problemi coi colori, cattura lo schermo, apri il file catturato con PhotoShop (o altro editor immagini), campiona il colore che vuoi cambiare, annotati il codice del colore.
Se hai una copia locale dei files .css del template esegui una ricerca (io uso Dreamweaver) inserendo il codice colore annotato in precedenza e sostituiscilo con il codice colore che preferisci.
Fai lo stesso sul file .css sul server on-line.