Onestamente non vedo niente di sbagliato, nel sito, tranne il fatto che in home page non scrive niente... mi dai un link ad una pagina con problemi?
Hai disinstallato qualcosa dopo quel backup?
Apri jos_components, jos_modules e jos_plugins: guarda se c'è qualche riga che fa riferimento a moduli, componenti o plugin che non sono installati...