Non sono un grande esperto di differenze tra IE e Firefox. Certo è che, ogni tanto, Firefox si comporta stranamente con il tag <center>...
Dovresti controllare se con entrambi i browser vengono caricati gli stessi CSS, poi darei un'occhiata all'HTLM risultante...
Quando mi succede così, uso l'addon Developer Toolbar di Firefox per vedere quali elementi del foglio CSS influenzano il blocco di testo che non viene centrato...
Considera anche che, generalmente, la parte centrale del template, dove si trovano i contenuti, è una cella di una tabella, con tutte le classi che la influenzano...
Se vuoi, manda l'indirizzo di una pagina che ti fa questo scherzo...