Beh, non capisco... il punto di forza del gif sono proprio le trasparenze...
In genere il problema è la trasformazione da vettoriale a bitmap.
Da Adobe Illustrator, devi esportare usando una risoluzione alta, almeno 600dpi, ed un formato .bmp.
Poi, con Fireworks, Photoshop o Gimp carichi il bmp e lo esporti come gif, ritoccando dimensioni, risoluzione e colori, fino ad ottenere una buona qualità ed il peso desiderato.
Soprattutto, guarda bene le dimensioni effettive che dovrà avere nella pagina, poichè il resizing web rende le pagine pesanti e non è così efficace...