In effetti, la sezione "configurazione generale" del backend scrive direttamente i dati sul configuration.php, quindi è uguale. Ognuno sceglie il sitema che più gli aggrada.
Il percorso assoluto te lo deve dire l'amministratore del sistema, sai che Linux può essere installato in mille modi diversi...
In pratica, l'amministratore ti dirà il percorso sul server del folder principale del sito (ad es. /var/www/public_html) e tu ci aggiungi il folder dove vuoi che siano registrati i file di log (nell'esempio precedente /var/www/public_html/logs)
Fai la stessa cosa con il path della tmp, mi raccomando, è importante.
P.S.: il settaggio a 775 dei permessi è un po' strano, se non funziona a 755 dovresti passare direttamente a 777...