hai creato delle nuove directory utilizzando il pannello joomla oppure hai creato del directory all'interno di stories con il client FTP?
Se le hai create dalla gestione media dal pannello joomla è possibile, (accade spesso), che tali cartelle abbianmo si i permessi giusti ma owner(proprietario) diverso.
In pratica controlla se via FTP se le cartelle hanno come proprietario nobody o apache invece dell'utente ftp.