Si.
Si rigenerano alla prima visualizzazione della pagina.
Non dovresti sfoltire solo le url personalizzate appunto perchè, nella rigenerazione, queste vengono ricreate attingendo dal titolo alias. Se hai url di questo tipo potresti, contenuto per contenuto, riscrivere l'alias e poi sfoltire.
In ogni caso non è conveniente sfoltile ripetutamente le url. Rischi che al primo passaggio dello spinder riscontri una marea di 404.