Ciao Marlowe
Quando dici che provi ad aggiungere/cancellare/modificare manualmente file nella cartella /var/www/joomla intendi che lo fai con il tuo utente utilizzando la finestra tipo Esplora risorse?
Il problema sta nel fatto che tu non sei proprietario di quelle cartelle. Se modifichi la visualizzazione della finestra aggiungendo le colonne dei permessi, permessi ottali e propritario (owner) vedrai che il proprietario di quelle cartelle è l'utente root.
Potresti farlo dalla console anteponendo ai comandi sudo ma ti consiglio di cambiare il proprietario delle cartelle con l'utente che utilizzi per accedere a ubuntu.
se vuoi cambiare il proprietario e il gruppo di una cartella de di tutto ciò che c'è all'interno della cartella devi suare il comando:
sudo chown -R nomeutente:nomegruppo nomedirectory
il paramentro -R rende il comando chwon ricorsivo ossia viene ripetuto per tutto quello che contiene la cartella.
Se tu accedi a ubuntu con l'utente marlowe il comando sarà:
sudo chown -R marlowe:marlowe /var/www/joomla
eseguito il comando sarai tu il proprietario della cartella /var/www/joomla e potrai dare quello che vuoi

Ciao