Prima di penare a far combaciare il foglio di stile CSS generale secondo me ti converrebbe creare dei fogli di stile per i singoli browser inserendo nella index.php del template subito dopo la chiamata al foglio di stile generale
<link href="/templates/tuotemplate/css/template_css.css" rel="stylesheet" media="all" type="text/css" />
ad esempio queste righe (ovviamente cambia
tuotemplate)
<!--[if IE 6]><link href="/templates/tuotemplate/css/ie6_css.css" rel="stylesheet" type="text/css" /><![endif]-->
<!--[if IE 7]><link href="/templates/tuotemplate/css/ie7_css.css" rel="stylesheet" type="text/css" /><![endif]-->
<!--[if IE 8]><link href="/templates/tuotemplate/css/ie8_css.css" rel="stylesheet" type="text/css" /><![endif]-->
chiamando di fatto i fogli di stile (che avrai compilato) per i vari browser.
Ovviamente non dovrai ricompilare tutto il file css ma solo le parti che modificherai per ogni browser mentre le restanti verranno prese dal foglio di stle generale.