Il backup del sito non era completo ho preso un backup precedente che era completo!
Però ora ho un altro problema...
Quando ho cancellato il contenuto del sito per effettuare il restore ho cancellato anche il file .htaccess
Per insere uno nuovo, ho fatto ho preso uno zip della versione di joomla 1.5.9 preso il file htaccess.txt lo messo sul sito e lo rinominato in .htaccess ho abilitato il SEO sulla console di amministrazione.
Facendo queste operazioni se vado su alcune pagine del sito (ad esempio cambiando la lingua) le pagine non vendono trovate, se disabilito il SEO tutto funziona correttamente.
A questo punto suppongo che è il file .htaccess non è corretto, come posso risolvere il problema?