no, non lo è.
La cosa bellissima è che se digiti l'indirizzo così come lo avevi riportato all'inizio, con tutti quegli "index.php" in mezzo alla url, trova la pagina delle news (che poi è pure la home). Quindi, riassumendo, seo o non seo quella struttura delle url da qualche parte è memorizzata.
Che seo usi e, sopratutto, che seo hai installato e poi disinstallato (probabilmente non in modo corretto.
Se fra questi c'è pure sh404, fa una cosa, entra in database ed elimina manualmente le tabelle "jos_redirection", "jos_sh404sef_aliases" e "jos_sh404sef_meta"
quella fondamentale è jos_redirection. Attenzione, "jos_redirect" ma non appartiene a sh404, ma al core di joomla.
Vedi di eliminare pure le tabelle generate da altri componenti seo installati e poi disinstallati
Controllati la struttura delle voci di menu. La home = alle news non mi pare sia una struttura corretta. Quando elimini una voce di menu, ricordati di svuotare il cestino. Nel caso avessi fatto, cancellato e rifatto articoli con lo stesso titolo, svuota anche il cestino degli articoli.